Os tratados de G. Zarlino, da segunda metade do século XVI, vão assinalar um momento de reviravolta. Com efeito, ao insistir no carácter racional da teoria da música, Zarlino deixa de relacionar as leis da harmonia com a dimensão cosmológica das esferas e passa a relacioná-las com a ciência dos fenómenos naturais. Deste modo, desenvolve uma doutrina que, baseada na explicação matemática dos “harmónicos” inerentes fisicamente a cada som, o afasta da tradição gregoriana. A sua teoria da harmonia «natural» e dos acordes obtidos através da «divisão harmónica» (modo maior) ou da «divisão aritmética» (modo menor) é a nova base que vai permitir quer a criação das modernas concepções da música como ciência, quer as apreciações estéticas da melodia que se afirmam paralelamente à difusão do canto monódico nas formas do madrigal e do teatro lírico.
Na primeira corrente inserem-se as investigações de R. Descartes sobre a acústica e a psicologia musical (Compendium musicae, 1618), as investigações de A. Kircher sobre a correlação entre a harmonia e os «afectos» da expressão sonora (Musurgia universalis, 1650), a reflexão de G. W. Leibniz sobre a compatibilidade entre a estrutura matemática e o prazer sensível provocado pela música enquanto <
Da segunda corrente, pelo contrário, fazem parte aquelas teorias que, como a de J.J. Rousseau, negam a autonomia da música enquanto ciência e vêem como sua fonte a melodia, ou melhor, o canto, considerando que a origem da arte dos sons não se deve procurar na imitação de um fenómeno natural como a harmonia, mas sim na sua primordial cumplicidade com a linguagem (Ensaio sobre a Origem das Línguas, 178 1).
A partir desta última posição, amplamente partilhada pela cultura iluminista, surgirá grande parte das teorias da música de uma época que concebeu a música como a “Linguagem dos sentimentos”. Esta orientação distanciou-se rapidamente das posições de Rousseau, valorizando a indeterminação semântica dos sons e encontrando nos novos desenvolvimentos do género instrumental, especialmente na sinfonia, o meio para exprimir uma dimensão emotiva e espiritual inacessível às formas da palavra (W. H. Wackenroder, L. Tieck), ou que podia ser integrado com a linguagem verbal sob a forma de um «programa» poético de tipo descritivo ou evocativo (H. Berlioz, E Liszt, R. Schumann).
Tanto as observações de Schelling, sobre a sua natureza de mediação incorpórea na percepção do Absoluto, como as de Hegel, sobre a música como expressão do sentimento de si na dimensão da temporalidade , vão na direcção de uma teoria da música fortemente espiritualizada.